Siden 1500 tallet har mange muslimske sekter etablert seg i Sudan, spesielt i nord og det sentrale Sudan. Idag er Islam hovedreligionen i disse områdene og for to tredjedeler av befolkningen. De fleste er Sunnimuslimer, men et stort mindretall tilhører en mer fundamentalistisk retning med forbindelse til shiamuslimske sekter og land der disse dominerer (for eksempel Iran).

I sør er tradisjonelle afrikanske religioner og åndetro mest utbredt, men både Islam og Kristendommen har spredt seg som følge av misjon og annen kontakt. Borgerkrigen i sør har sørget for en stor tilstrømning til de kristne kirker som en motvekt mot politisk og kulturell dominans fra nord, men kristne er også veletablert i nord. Det antas at mellom 5 og 15 % av befolkningen i Sudan er kristne, hvorav de fleste er katolikker.

I hovedstaden Khartoum finnes det to katedraler; den katolske St Matthew's Cathedral og den anglikanske All Saints Cathedral. Kirker har spilt en viktig rolle i utdanning. Det finnes for eksempel 75 katolske skoler i Khartoum i tillegg til 150 andre i nord og mer enn 200 i sør. The Episcopal Church, pinsemenigheter, syvendedagsadventister og "Sudanese Church of Christ" administrerer også skoler i Sudan.